केरल के मुख्यमंत्री पिनराई विजयन ने "द केरल स्टोरी 2" फिल्म को लेकर चिंता व्यक्त की है, यह कहते हुए कि यह राज्य की धर्मनिरपेक्षता के लिए खतरा है। उन्होंने फिल्म पर झूठी प्रचार करने का आरोप लगाया है, जो सहमति से की गई शादियों को साम्प्रदायिकता और जबरन धर्मांतरण के उदाहरण के रूप में पेश करती है। विजयन ने फिल्म के निर्माता को "राज्य के दुश्मन" कहा और कहा कि केरल, जो साम्प्रदायिक सद्भाव के लिए जाना जाता है, को नकारात्मक रूप में चित्रित नहीं किया जाना चाहिए।